На этой стадии участники разбиты на два потока: Путь чемпионов и Основной путь. Украинские клубы ведут борьбу за путевку в групповой этап по Основному пути. Согласно жребию первым соперником «Колоса» в дебютном розыгрыше турнира станет победитель пары ФКСБ «Стяуа» (ROU) – «Шахтер» (KAZ). «Ворскла», в случае успеха в противостоянии с финским КуПСом, в третьем раунде отбора встретиться с сильнейшим в паре «Астана» (KAZ)/«Арис» (GRE).

Путь чемпионов
• «Шэмрок Роверс» и девять победителей второго отборочного раунда Пути чемпионов (матчи 22 и 29 июля) сформируют пары третьего отборочного раунда без посева.

«Динамо» Тбилиси (GEO)/«Маккаби» Хайфа (ISR) – «Будучность» Подгорица (MNE)/«Торсхавн» FRO)
«Линфилд» (NIR)/«Борац» Баня-Лука (BIH) – «Шахтер» Солигорск (BLR)/«Фола» (LUX)
«Шэмрок Роверс» (IRL) – «Теута» (ALB)/«Интер Эскальдес» (AND)
«Рига» (LVA)/«Шкендия» (MKD) – «Фольгоре» (SMR)/«Хибернианс» (MLT)
«Приштина» (KOS)/ «Коннас-Ки» (WAL) – «Валюр» (ISL)/«Буде/Глимт» (NOR)

Матчи пройдут 5 и 12 августа. Победители выходят в раунд плей-офф Пути чемпионов.

Основной путь
• К девяти командам, которые начинают борьбу с этой стадии, присоединятся 45 победителей второго отборочного раунда.

КуПС (FIN)/«Ворскла» (UKR) – «Астана» (KAZ)/«Арис» (GRE)
«Колос» (UKR) – ФКСБ «Стяуа» (ROU)/«Шахтер» (KAZ)
«Динамо» Батуми (GEO)/БАТЭ (BLR) – «Петрокуб» (MDA)/«Сивасспор» (TUR)
«Шкупи» (MKD)/«Санта-Клара» (POR) – «Олимпия» (SVN)/«Биркиркара» (MLT)
«Арарат» (ARM)/«Шленск» (POL) – «Арда» (BUL)/«Хапоэль» Беэр-Шева (ISR)
«Уйпешт» (HUN)/«Вадуц» (LIE) – «Базель» (SUI)/«Партизани» (ALB)
«Сочи» (RUS)/«Кешля» (AZE) – «Партизан» (SRB)/ДАК-1904 (SVK)
«Эльфсборг» (SWE)/«Милсами» (MDA) – «Вележ» (BIH)/АЕК (GRE)
РФШ (LVA)/«Пушкаш-Академия» (HUN) – «Гент» (BEL)/«Волеренга» (NOR)
«Люцерн» (SUI) – «Дрита» (KOS)/«Фейеноорд» (NED)
«Пасуш» (POR) – «Ларн» (NIR)/«Орхус» (DEN)
«Хиберниан» (SCO)/«Санта-Колома» (AND) – «Гзира Юнайтед» (MLT)/«Риека» (CRO)
«Дюделанж» (LUX)/«Богемиан» (IRL) – ПАОК (GRE)
«Трабзонспор» (TUR) – «Мольде» (NOR)/«Серветт» (SUI)
«Аустрия» (AUT)/«Брейдаблик» (ISL) – «Абердин» (SCO)/«Хэкен» (SWE)
«Кауно Жальгирис» (LTU)/ТНС (WAL) – «Виктория» (CZE)/«Динамо» Брест (BLR)
«Чукарички» (SRB)/«Сумгаит» (AZE) – «Хаммарбю» (SWE)/«Марибор» (SVN)
«Локомотив» (BUL)/«Словацко» (CZE) – «Копенгаген» (DEN)/«Торпедо» Жодино (BLR)
«Судува» (LTU)/«Ракув» (POL) – «Рубин» (RUS)
«Хайдук» (CRO)/«Тобол» (KAZ) – «Аполлон» (CYP)/«Жилина» (SVK)
АЕЛ (CYP)/«Влазния» (ALB) – «Карабах» (AZE)/«Ашдод» (ISR)
«Паневежис» (LTU)/«Войводина» (SRB) – ЛАСК (AUT)
ЦСКА София (BUL)/«Лиепая» (LVA) – «Погонь» (POL)/«Осиек» (CRO)
«Спартак» Трнава (SVK)/«Сепси» (ROU) – «Сутьеска» (MNE)/«Маккаби» Тель-Авив (ISR)
«Домжале» (SVN)/«Хонка» (FIN) – «Хабнарфьордюр» (ISL)/«Русенборг» (NOR)
«Университатя» (ROU)/«Лячи» (ALB) – «Андерлехт» (BEL)
«Витесс» (NED) – «Дандолк» (IRL)/«Левадия» (EST)

Матчи пройдут 5 и 12 августа. Победители выходят в раунд плей-офф Основного пути.