Свою карьеру в качестве основного вратаря Сергей начал в Тираспольском «Шерифе», за который честно отыграл два сезона. В ту пору армейцы Москвы испытывали вратарский дефицит из-за того, что практически все голкиперы «красно-синих» перешли критическую планку возраста, и потому приглашение ЦСКА Перхуну сюрпризом не стало.

В 2001 году Сергей Перхун проводит отличный сезон в составе ЦСКА. В 13 матчах Перхун пропустил всего 6 мячей и в отличном настроении отправился в Махачкалу, где 19 августа должна была состояться календарная игра чемпионата России «Анжи» - ЦСКА. Матч шёл своим чередом, и ничто не предвещало трагедию, кто тогда мог знать, что Перхун проводит в сознании последние минуты своей жизни?

В одном из эпизодов защитники ЦСКА, в попытке создать искусственный офсайд, ошибаются, заставляя своего голкипера покинуть штрафную площадь для того, чтобы Перхун сразился в верховой борьбе за мяч с форвардом дагестанской команды Будуном Будуновым. Через мгновение вспышки фотоаппаратов зафиксировали последнюю сознательную минуту Сергея Перхуна: в борьбе на «втором этаже» оба игрока получают тяжелейшие травмы головы, которые ставят дальнейшую жизнь Будунова и Перхуна под большой вопрос.

Сергей был в полусознании до конца матча. Но по дороге в аэропорт он впал в кому, повлекшую клиническую смерть. Несмотря на все усилия врачей, в 5 часов утра 28 августа футболист скончался.

Заключение врачей: «остановка мозгового кровотока с последовавшей за этим гибелью клеток головного мозга».

Похороны Сергея посетили около 10 тысяч человек. Значительное количество болельщиков ЦСКА ранее посетило прощание с Перхуном в Москве, некоторые полетели в Днепропетровск. На гражданской панихиде присутствовали и фанаты «Спартака», и болельщики других клубов. На оставшихся матчах сезона ЦСКА болельщики выставляли на трибунах огромную футболку с номером и фамилией Перхуна.

Покинув наш мир, Перхун оставил после себя двоих замечательных детей и навечно преданную ему жену. В родном Днепропетровске регулярно проводится турнир памяти Сергея Перхуна. Кроме того, администрацией города было принято решение о возведении памятника вечно молодому вратарю.