Процедуру определения пар соперников провели генеральный секретарь УЕФА Дэвид Тейлор и посол стамбульского финала Джан Барту. По регламенту в следующий раунд вышли восемь победителей пар 1/8 финала. Жеребьевка проводилась вслепую, поэтому не исключалась возможность встречи двух клубов из одной страны. Команды узнали и своих потенциальных соперников по полуфинальной стадии.

Слепой жребий свел следующие команды: 1/4 финала 1. «Гамбург» (Германия) – «Манчестер Сити» (Англия) 2. ПСЖ (Франция) – «ДИНАМО» (Украина) 3. «ШАХТЕР» (Украина) – «Марсель» (Франция) 4. «Вердер» (Германия) – «Удинезе» (Италия)

1/2 финала Победитель пары 4 – Победитель пары 1 Победитель пары 2 – Победитель пары 3

Победитель второго полуфинала станет номинальным хозяином решающего противостояния Кубка УЕФА-2008/09.

Поединки четвертьфинала пройдут 9 и 16 апреля, полуфинала – 30 апреля и 7 мая. Заключительный матч турнира состоится 20 мая в Стамбуле на стадионе «Шюкру Сарачоглу».