В ходе жеребьевки участвовали 110 команд, 40 из которых отсеются уже в следующий четверг после ответных матчей.

К 40 сильнейшим клубам по итогам второго круга присоединились еще 30 коллективов. Участников турнира при жеребьевке разделили на «сеяных» и «несеяных» исходя из рейтинга УЕФА .

Результаты жеребьевки: Группа 1

Сараево (Босния и Герцеговина)/Спартак (Трнава, Словакия) – Зестафони (Грузия)/Хельсингборг (Швеция) Фредрикстад (Норвегия) – Лех (Польша) Дифферданж (Люксембург)/Риека (Хорватия) – Металлист (Украина) Нафтан (Беларусь)/Гент (Бельгия) – Рома (Италия) Васлуй (Румыния) – Омония (Кипр)/Торсхавн (Фарерские острова)

Группа 2 Ольборг (Дания)/Славия (Сараево) – Кошице (Словакия) Гетеборг (Швеция) – Хапоэль Т-А (Израиль) ПСВ Эйдховен (Голландия) – Черно Море (Болгария)/Искра-Сталь (Молдова) Металлург (Донецк, Украина)/МТЗ-РИПО (Беларусь) – Интерблок (Словения) Волеренга (Норвегия) – ПАОК (Греция)

Группа 3 АПОП (Кипр) – Рапид (Вена, Австрия)/Влазния (Албания) Хонка (Финляндия)/Бангор Сити (Уэльс) – Русенборг (Норвегия)/Карабах (Азербайджан) Фалкирк (Шотландия)/Вадуц (Лихтенштейн) – Слован (Чехия) Сент-Патрикс (Ирландия)/Валлетта (Мальта) – Крылья Советов (Россия) Судува (Литва)/Рандерс (Дания)– Гамбург (Германия)

Группа 4

Динамо (Минск, Беларусь)/Тромсе (Норвегия) – Милано (Македония)/Славен (Хорватия) Брондбю (Дания)/Флора (Эстония) – Легия (Польша)/Олимпи (Грузия) Войводина (Сербия) – Аустрия (Австрия) ЦСКА (Болгария) – Сконто (Латвия)/Дерри Сити (Ирландия) Стяуа (Румыния)/Уйпешт (Венгрия)– Фламуртари (Албания)/Мазервелл (Шотландия)

Группа 5

Жилина (Словакия)/Дачия (Молдавия)– Хайдук (Хорватия) Брага (Португалия) – Эльфсборг (Швеция)/Холодаш (Венгрия) Абердин (Шотландия) – Сигма (Чехия)/Фрам (Исландия) Крузейдерс (Северная Ирландия)/Работнички (Македония) – Оденсе (Дания) Севойно (Сербия)/ Каунас (Литва) – Лилль (Франция)

Группа 6 Анортосис (Кипр)/Петровац (Черногория) – Штурм (Австрия)/Широки Брег (Босния и Герцеговина) Фенербахче (Турция) – Гонвед (Венгрия) Бней-Иегуда (Израиль)/Динабург (Латвия) – Зимбру (Молдова)/Пасуш (Португалия) Брюгге (Бельгия) – Горица (Словения)/Лахти (Финляндия) Атлетик (Испания) – Янг Бойз (Швейцария)

Группа 7

КР Рейкьявик (Исландия)/Ларисса (Греция) – Базель (Швейцария)/ФК Санта-Колома (Андорра) Тобол (Казахстан)/Галатасарай (Турция) – Слима (Мальта)/Маккаби (Нетания, Израиль) Металлург (Лиепая, Латвия)/Динамо (Тбилиси, Грузия) – Рудар Веленье (Словения)/Црвена Звезда (Сербия) Ювенес-Догана (Сан-Марино)/Полония (Польша) – Ветра (Литва)/ХИК (Финляндия) Бреда (Нидерланды)/Гандзасар (Армения) – Фулхэм (Англия)

Матчи третьего раунда квалификации состоятся 30 июля и 6 августа.

Финальный матч 12 мая 2010 года пройдет на «Арена Гамбург» (Германия).