Проголошення незалежної української держави 24 серпня 1991-го дало поштовх і процесам в організації самостійного футбольного господарства.

На початку вересня пройшло спільне засідання керівництва федерації та футбольної спільноти, на якому було вирішено створити власні футбольні інститути, не підпорядковані московським чиновникам. У жовтні відбувся візит до Швейцарії Віктора Баннікова – легендарного українського голкіпера, який в якості функціонера доклав багато зусиль до утвердження незалежного українського футболу. Тодішній президент УЄФА Леннарт Йоганссон на зустрічі запевнив у своїй всебічній підтримці України у вступі до європейського футбольного співтовариства.

1 грудня на всеукраїнському референдумі було підтверджено створення незалежної держави, а вже 13-го числа в залі міністерства у справах молоді, спорту та туризму на вулиці Еспланадній у Києві футбольне керівництво республіки одноголосно ухвалило заяву про вихід зі складу союзної федерації. Першим президентом Всеукраїнської спортивної громадської організації «Федерація футболу України» було обрано Віктора Баннікова, віце-президентом – Євгена Котельникова.

У лютому 1992-го Федерація футболу України разом із представниками Грузії, Словенії та Хорватії отримала статус тимчасового члена ФІФА та УЄФА. 3 липня того ж року Україна стала постійним членом ФІФА, а 17 червня 1993 року – УЄФА. Це дало право делегувати свої збірні та клуби на міжнародні змагання.