Руководили тогда «Арсеналом» главный тренер Валентин Крячко и его помощник Александр Иванов.

В тот же год команда блестяще выиграла городское первенство, а 2 августа 1999-го «Арсенал» дебютировал во второй лиге первенства страны. Первые шесть встреч харьковчане выиграли, сохранив при этом свои ворота в неприкосновенности, и лишь в седьмом пропустили первый гол. «Сухая» серия продлилась 583 минуты! А «обидчиками» арсенальцев стали тогда земляки из купянского «Оскола», которые нанесли новичкам первое поражение. 

Очередным знаковым рубежом для «Арсенала» стал день 9 июня 2002 года, когда команда досрочно – за два тура до окончания первенства Украины — завоевала путевку в первую лигу. А спустя три года заняла в ней второе место, получив право играть в высшей лиге украинского футбола. 

Но в силу ряда обстоятельств, скорее околоспортивного характера, в высшую лигу заявился тогда новый клуб – ФК «Харьков», а «Арсенал» решил начать путь наверх со второй лиги. Тогда же президент клуба Владимир Чумак объявил, что приоритетами для «Арсенала» на ближайшие годы становятся воспитание молодых футболистов и развитие клубной инфраструктуры. Перед началом сезона 2007/2008 годов руководство «Арсенала» не афишировало задачу выхода в первую лигу, но по итогам осенней части первенства «Арсенал» занимает первое место в группе «Б», являясь одним из главных претендентов на повышение в классе. 

Юбилейные торжества прошли в большом зале Харьковского академического театра оперы и балета имени Лысенко. Немало теплых слов в адрес клуба прозвучало в этот вечер из уст почетных гостей – бывших мэров города Харькова Михаила Пилипчука и Владимира Шумилкина, ответственного секретаря ПФЛ Украины Святослава Сироты, первого вице-президента Федерации футбола Харьковской области Александра Нечипоренко. Особо отмечалась роль в успехах «Арсенала» его создателя и бессменного президента футбольного клуба Владимира Чумака. 

Сам Владимир Анатольевич, сердечно поблагодарив всех за поздравления и подарки, особо подчеркнул, что «Арсенал» стал для него делом всей жизни, и заверил болельщиков и футбольную общественность, что команда и дальше будет стремиться к новым вершинам. Поздравила виновников торжества и певица Алена Винницкая, а также звезды эстрады – клуб спортивного танца «Рапид», киевский балет «А-6», танцевальный коллектив «Румяные щечки», шоу-группа «Форсаж» и группа «Джанго».