Як і у першому раунді змагань, через складну епідеміологічну ситуацію з COVID-19 за проханням клубів та за рішенням Дирекції з проведення Кубку України-2020/2021 під час жеребкування використовували географічний принцип посіву.

Імена своїх суперників дізналися 19 переможців першого етапу та три клуби першої ліги – «Агробізнес», «Волинь» та «Оболонь». Базова дата матчів раунду – 16 вересня.

Другий попередній раунд

Група А
«Металург» (Запоріжжя) – «Гірник-Спорт» (Горішні Плавні)   
«ВПК-Агро» (Магдалинівка) – «Кремінь» (Кременчук) 

Група В
«Миколаїв» (Миколаїв) – «Чорноморець» (Одеса)
«Нива» (Вінниця) – «Кристал» (Херсон)
«Кривбас» (Кривий Ріг) – «Таврія» (Сімферополь) 

Група С
«Альянс» (Липова Долина) – «Верес» (Рівне)
«Вікторія» (Миколаївка) – «Діназ» (Вишгород)  
«Оболонь» (Київ) – «Полісся» (Житомир)

Група D
«Волинь» (Луцьк) – «Прикарпаття» (Івано-Франківськ)
«Ужгород» (Ужгород) – «Агробізнес» (Волочиськ)
«Епіцентр» (Дунаївці) – «Нива» (Тернопіль)

Відзначимо, що матч «Металург» (Запоріжжя) – «Гірник-Спорт» (Горішні Плавні) відбудеться 23 вересня.